Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Thuis prikken voor medicijnspiegel

Een dried blood spot is niets anders dan een bloeddruppeltje uit een vingerprik op een kaartje. Thuis op de bank afgenomen en opgestuurd naar het lab. Herman Veenhof, ziekenhuisapotheker in opleiding en onderzoeker in het UMC Groningen, vraagt zich in zijn promotieonderzoek af of dit polibezoeken van transplantatiepatiënten kan vervangen. En als je toch naar de poli moet komen, kan het dan voor de artsen en voor de patiënten efficiënter? Op 24 februari zal hij zijn proefschrift hierover verdedigen.

'Uit zo'n dried blood spot, ik gebruik bewust de Engelse term want dat doet iedereen, kunnen we creatinine en de vijf meest gebruikte immunosuppressiva meten', legt Veenhof uit. Een patiënt kan zelf thuis bloed prikken en een enkel druppeltje opsturen naar het lab waar het geanalyseerd wordt. De vraag is echter of dit net zo goed en betrouwbaar is als de gewone methode, de buisjes bloed die al twintig jaar worden geprikt en geanalyseerd?

Om antwoord op die vraag te vinden heeft Veenhof transplantatiepatiënten op de prikpoli gevraagd om op hetzelfde tijdstip, tijdens de afname van het buisje bloed, ook een dried blood spot te prikken. Wat bleek? De labwaardes uit een buisje bloed en uit de dried blood spots die op hetzelfde tijdstip geprikt waren, kwamen goed overeen.

Lees meer »

Afweerweb uit witte bloedcel speelt belangrijke rol in auto-immuunziekten »

Door Rosa Wouda - Een interview met arts-onderzoeker Laura van Dam uit het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) over haar onderzoek naar de rol van NETs (neutrofiel extracellulaire traps) in de pathofysiologie van ANCA-geassocieerde vasculitis (AAV) en Systemische Lupus Erythematosus (SLE). Laura heeft biomedische wetenschappen gestudeerd aan de Universiteit van Amsterdam en heeft daarna via het SUMMA traject in Utrecht haar opleiding tot arts afgerond.

Lees meer »

Ieder genetisch profiel eigen nierdieet »

In hoeverre je dieet bijdraagt aan aan de conditie van je nieren is mogelijk genetisch bepaald, zo blijkt uit recent Amerikaans onderzoek. Nierpatiënten die een bepaald gen missen, hebben er misschien baat bij veel broccoli in hun dieet op te nemen. De onderzoekers verwijderden bij onderzoeksmuizen het Glutathione S-transferase mu-1 (GSTM1) gen. Die muizen kregen vervolgens vaker last van hoge bloeddruk en nierproblemen.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier