Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Verandering van symptomen belangrijk voor start dialyse

Wat is het beste moment om te starten met dialyseren? Over deze vraag boog Cynthia Janmaat zich in haar promotie-onderzoek. Op 25 november j.l., verdedigde ze haar proefschrift waarin ze beschrijft hoe ze dichter bij een antwoord komt.

In de praktijk blijkt regelmatig dat er patiënten zijn met een heel slechte nierfunctie, die daar nog nauwelijks last van hebben. Terwijl andere patiënten met een minder slechte nierfunctie juist meer symptomen ervaren. Er is dus een discrepantie tussen enerzijds de nierfunctie en anderzijds het aantal symptomen en de last die patiënten ervaren. Een groots opgezet onderzoek waaraan veel patiënten meedoen, met uiteenlopende nierfuncties en ook een hele range aan symptomenlast, willekeurig verdeeld over groepen die wel of niet starten met dialyse, zou antwoord kunnen geven op deze vraag.

Het wetenschappelijk bewijs uit een dergelijke goed opgezette zogeheten gerandomiseerde studie geldt als sterk. Maar met zo een verscheidenheid aan patiënten en symptomen is een gerandomiseerd onderzoek in dit geval eigenlijk niet te doen. Daarom gebruikte Janmaat gegevens uit observationele studies. Dat zijn onderzoeken waarbij gegevens van patiënten worden verzameld. De patiënten krijgen de gebruikelijke behandeling en er wordt geen behandeling toegewezen door de arts of onderzoeker.

Lees meer »

Jef Schaap overleden »

Jef Schaap, oprichter van stiching Burung Manyar en steun en toeverlaat van nierpatiënten in Indonesië, is overleden aan covid-19. Dat laat het bestuur van de stichting, namens de familie van Jef, weten. Jef was 77 jaar oud.  Het is op een maand na twintig jaar geleden dat Jef Schaap 'zijn' stichting oprichtte, nadat hij op persoonlijke titel benaderd was om een Indonesische patiënt te helpen die getransplanteerd was, maar de benodigde medicatie niet kon betalen.

Lees meer »

Ontstaan vaatschade op moleculair niveau nader onderzocht »

Glomerulosclerose en atherosclerose zijn vaataandoeningen waarvoor tot op heden geen afdoende behandelingen bestaan. In de nierfilters (glomeruli) zorgen kleine bloedvaatjes voor bloedfiltratie. Bij glomerulosclerose vormt zich littekenweefsel in de glomeruli en raken bloedfiltratie en nierfunctie verstoord. Bij atherosclerose treedt verdikking van de wand van een slagader op, waardoor deze vernauwt.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier