Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Weer grote prijs voor Martin de Borst

De Groningse nefroloog Martin de Borst, ontving zaterdag 6 juni de Stanley Shaldon Award for Young Investigators van de ERA-EDTA, de European Renal Association-European Dialysis and Transplant Association. De prijs, die bestaat uit onder andere een bedrag van 10.000 euro, werd uitgereikt tijdens het jaarlijkse ERA-EDTA congres dat dit jaar, vanwege de corona-pandemie, online plaatsvond in plaats van in Milaan.

Het onderzoek van De Borst richt zich op het ontwikkelen van nieuwe behandelingen voor patiënten met chronische nierschade. In diverse nationale en internationale onderzoekssamenwerkingen onderzoekt hij hoe ontregelingen in bot- en mineraalhuishouding, onder andere door een tekort aan magnesium en een teveel aan fosfaat, bijdragen aan het ontstaan van hart- en vaatziekten bij nierpatienten. Ook is hij een van de leiders van een door de Nierstichting gefinancierd landelijk onderzoek naar het effect van kaliumsupplementen als mogelijke behandeling voor nierfunctie verlies.

Een belangrijk deel van het onderzoek voert De Borst uit binnen TransplantLines, een grootschalig biobank-onderzoek van het UMCG waarin veel gegevens worden verzameld van donoren en getransplanteerden. Deze informatie is van grote waarde om bijvoorbeeld beter te begrijpen hoe afstoting ontstaat – hierover publiceerde &

Lees meer »

Helft Nederlanders heeft keuze vastgelegd in donorregister »

Op 2 januari 2020 stond 49 procent van de Nederlandse bevolking van 18 jaar of ouder geregistreerd in het Donorregister. Dat zijn 6,9 miljoen mensen, 556 duizend meer dan op 2 januari 2019. De toename van het aantal toestemmingen met of zonder donatiebeperking is meer dan de jaren daarvoor. Het aantal mensen dat expliciet geen toestemming voor orgaandonatie geeft, nam ook meer toe dan de jaren daarvoor. Dat blijkt uit cijfers van het CBS en het Donorregister.

Lees meer »

Wisselwerking: Levende donatie na covid-19 »

'Kun je nog donor zijn als je corona hebt gehad?' Dat vroeg Carla zich in lichte paniek af. Zij werkt in de thuiszorg en liep als een van de eersten COVID-19 op tijdens de verzorging van een van haar cliënten. Een relatief milde variant, hoewel de koorts door haar lijf gierde. 'Gelukkig was er geen ziekenhuisopname nodig, zoals bij Boris Johnson', zegt ze nu.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier