Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Presentatie tweede boek Brenda de Coninck

Op 3 september 2020 is het zo ver: de feestelijke presentatie van Ik zou het zo weer doen, het tweede boek van Brenda de Coninck uitgegeven door NierNieuws. Brenda zal het eerste exemplaar overhandigen aan dr. Meindert Crop, nefroloog in het UMCG, die een belangrijke rol heeft gespeeld in de totstandkoming van dit boek.

Het boek is vanaf half september gratis beschikbaar voor nierpatiënten en donoren die het pretransplantatietraject doorlopen. Zij kunnen het gratis verkrijgen via de pretransplantatiepoli in de universitaire ziekenhuizen in Nederland.

De uitreiking zal live gestramd worden via het YouTube-kanaal van NierNieuws en via onze Facebookpagina. De overhandiging start om 17.00 uur. TIP: Ziet u de live video niet direct op YouTube? Zoek daar dan op 'NierNieuws boekpresentatie Brenda'.

NB: vanwege oponthoud in het verkeer starten we iets later met de livestream

Brieven orgaandonatie worden verzonden »

Per vandaag start de grote brievenverzendcampagne voor de nieuwe donorwet. Een kleine zeven miljoen volwassenen zullen in de komende tien maanden ten minste een brief ontvangen met het verzoek hun keuze vast te leggen in het donorregister. Sinds 1 juli is de nieuwe donorwet van kracht. Destijds minister Van Rijn zag geen reden om de ingangsdatum aan te passen vanwege de covid-19-epidemie.

Lees meer »

Hogere sterfte niertransplantatiepatiënten die maagzuurremmers gebruiken »

Door Rosa Wouda - Een interview met arts-onderzoeker Rianne Douwes en nefroloog Stephan Bakker van het UMCG over hun onderzoek naar het verband tussen het gebruik van maagzuurremmers en sterfte na niertransplantatie. Rianne heeft geneeskunde gestudeerd aan de universiteit van Groningen. Tijdens haar studie was ze lid van het Prometheus-Nierteam, waardoor haar interesse in wetenschappelijk onderzoek en transplantatiegeneeskunde groeide.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier