Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Het kan altijd erger

'Wat gaan we doen?' De ochtendzon gluurt langs de zijkant van de gordijnen en verlicht de slaapkamer een beetje. Mijn man zucht. 'Tja' begint hij: 'anderhalve meter afstand houden lukt niet in de auto. Dat betekent dat ik moet stoppen met de traumabegeleidingen.' Ik draai mijn hoofd terug en staar naar de vensterbank. 'Dat heeft nogal wat consequenties' zeg ik somber. Hij knikt. 'Ik krijg nu al afmeldingen en verzoeken om begeleidingen tijdelijk te stoppen.' Ik zucht. Snappen doe ik het wel, maar leuk is anders. Als eigen ondernemer ondervinden we meteen gevolgen van de corona-pandemie die net door de WHO is onderkend. 'Bovendien wil ik ook voorzichtig zijn voor jou. Je behoort per slot van rekening tot de risicogroep.'

Lees meer »

Advies voor afweeronderdrukkers tijdens corona »

De richtlijncommissie van de Nederlandse Federatie voor Nefrologie (NFN) heeft een advies opgesteld voor de behandeilng met medicijnen van nier(transplantatie)patiënten tijdens de coronacrisis. De titel van het advies is 'Starten en aanpassen van immuunsuppressie voor nefrologische aandoeningen tijdens SARS-CoV2-epidemie'.

Lees meer »

Nieuwe apps helpen bij corona-management »

Nu besmettingen met Covid-19 (corona) serieuze sociale gevolgen hebben en tot een zware belasting van de zorgsector hebben geleid, duiken er verschillende apps op die hier een beetje verlichting in proberen te brengen. Het doel is steeds in grote lijnen: zorgen dat mensen met verdachte symptomen tijdig contact opnemen met een zorgverlener, maar ook dat mensen met een gewone verkoudheid, dat niet onnodig doen.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier