Mail: redactie@niernieuws.nl | 030 - 288 9994 | NL16 TRIO 0197 707866



Reageer | Verstuur | Druk af   

RNA-sequencing om niermodel te analyseren

Door Gerard Kok 

In onderzoek naar nierziekten wordt veel gebruik gemaakt van modellen van een menselijke nier. Vaak worden laboratoriummuizen gebruikt, maar dit heeft zijn beperkingen, omdat de nieren van muizen uiteindelijk toch niet goed genoeg lijken op de nieren van mensen. Daarom wordt tegenwoordig ook gewerkt met nier-organoïden, nierweefsel dat is opgekweekt uit stamcellen. In een recent artikel gaan Amerikaanse onderzoekers in op het belang van 'Single-Cell RNA sequencing' (scRNA-seq) voor het werken met deze organoïden.

Ongeveer vijf jaar geleden slaagden onderzoekers er voor het eerst in om nier-organoïden te kweken uit pluripotente stamcellen, dat zijn cellen die kunnen uitgroeien tot (bijna) elk ander type cel. Pluripotente stamcellen kunnen tegenwoordig worden verkregen door 'gewone' cellen, bijvoorbeeld uit bloed, te 'herprogrammeren'. De ontdekkers van dit proces kregen hiervoor in 2012 de Nobelprijs voor Geneeskunde. De nier-organoïden die op deze manier worden gemaakt zijn nog niet compleet, maar de belangrijkste celtypes zitten er al wel in.

Nadat deze organoïden zijn opgekweekt, rijst de vraag of het de organoïden zijn geworden die je wilde, oftewel, of alle types niercellen er wel in zitten, en of er niet te veel cellen in zitten die geen niercellen zijn. Deze vraag kan je bijvoorbeeld proberen te beantwoorden door te bedenken welke cellen in de organoïde zouden kunnen zitten, en daar vervolgens op te testen. Het nadeel daarvan is dat als je een celtype vergeet te bedenken, je daar ook niet op zal testen, en je dus na afloop niet weet of dat type in de organoïde zit.

Om dit probleem op te lossen, stellen de Amerikaanse onderzoekers voor om Single-Cell RNA sequencing te gebruiken. Deze techniek wordt nu vooral gebruikt bij kankeronderzoek, om te achterhalen uit welke cellen precies een tumor is opgebouwd. Op die manier kan veel beter bepaald worden welke behandeling gevolgd moet worden.

Bij Single-Cell RNA sequencing wordt uit elke te onderzoeken, afzonderlijke cel het RNA losgeweekt. Dit wordt omgezet in DNA, en er wordt per cel een labeltje aan gehangen, zodat later duidelijk is uit welke cel elk strengetje DNA kwam. Vervolgens wordt alles bij elkaar gedaan, en het DNA vermeerderd. Aan de hand van bestaande 'bibliotheken' waarin alle cellen beschreven staan, kan vervolgens bepaald worden welke cellen er precies in de organoïden zaten. Volgens deze video (die scRNA-seq veel helderder uitlegt dan ik hier doe), wordt er zo veel data geproduceerd dat de verwerking ervan enkele weken kost.

Het grote voordeel van scRNA-seq voor het bepalen welke cellen een organoïde bevat, is dat je alle celtypes in een organoïde kunt vinden, en niet alleen degene waar je vooraf aan had gedacht. Dit is van belang om te bepalen of de organoïden goed voldoen als model van een menselijke nier. En dat is weer van belang omdat het beter onderzoek mogelijk maakt naar nierziekten en naar welke medicijnen giftig zijn en welke zouden kunnen werken.

sterren Gepubliceerd: dinsdag 25-02-2020
Bron: Clinical Journal of the ASN | Nog geen reacties




Nieren coronapatiŽnt ook kwetsbaar

Het wordt steeds duidelijker dat een infectie met Covid-19 (corona), niet 'alleen maar' een ernstige longontsteking kan veroorzaken. Uit een onderzoek in New York blijkt dat van de patiënten die zo ziek worden dat ze moeten worden opgenomen in het ziekenhuis, ruim een derde acuut nierfalen ontwikkelt. In een aanzienlijk deel van de gevallen is dat zelfs matig tot zeer ernstig.

Het onderzoek waar het hier om draait, online gepubliceerd in Kidney International, is uitgevoerd in de periode 1 maart-5 april in dertien ziekenhuizen in New York, een stad die met een grote uitbraak kampt. Voor het onderzoek zijn alleen volwassen patiënten bestudeerd. Patiënten die al eindstadium nierfalen hadden of een functionerende transplantatienier, zijn uitgesloten van de studie.

In de genoemde vijf weken zijn bijna vijfenhalf duizend patiënten opgenomen. Dit zijn alleen de ziekere patiënten, net als hier blijven patiënten met lichtere klachten thuis. Van al deze patiënten kreeg ruim een derde te maken met acute nierproblemen. Vaak niet zo heel ernstig, stadium 1 van 5 volgens de internationale definitie. Maar, in een relatief groot aantal van de patiënten was het acute nierfalen zodanig ernstig, dat ze dialyse nodig hadden. Terugrekenend met de percentages die de auteurs in hun artikel noemen, komt het op 285 patiënten.

Lees meer »

Nederland voert internationale database aan in strijd tegen COVID-19 bij nierpatiŽnten »

Europese artsen en onderzoekers, onder Nederlandse aanvoering, hebben een internationale database opgezet. Hierin verzamelen ze gegevens van dialysepatiënten en getransplanteerden die met COVID-19 besmet zijn. Het doel is deze patiënten beter te kunnen behandelen. Nierpatiënten behoren tot de risicogroep in de huidige pandemie. Hierbinnen zijn dialysepatiënten en degenen die afweeronderdrukkende medicatie slikken extra kwetsbaar.

Lees meer »

Thuis prikken voor medicijnspiegel »

Een dried blood spot is niets anders dan een bloeddruppeltje uit een vingerprik op een kaartje. Thuis op de bank afgenomen en opgestuurd naar het lab. Herman Veenhof, ziekenhuisapotheker in opleiding en onderzoeker in het UMC Groningen, vraagt zich in zijn promotieonderzoek af of dit polibezoeken van transplantatiepatiënten kan vervangen.

Lees meer »







NierNieuws en zijn adverteerders maken soms gebruik van cookies. Klik hier voor meer informatie.
Ons Pricaystatement vindt u hier