Antibiotica kunnen de aanwezigheid van een vrij algemeen voorkomende darmbacterie die oxalaat metaboliseert verminderen. Het is heel goed mogelijk dat patiënten daardoor gevoeliger worden voor de vorming van calciumoxalaatnierstenen.

De Oxalobacter formigenes (OF) bacterie is een commensaal organisme dat in de dikke darm van een groot deel van de volwassen bevolking leeft. De bacteriën metaboliseren oxalaat als hun enige bron van energie. Door het verminderen van de beschikbaarheid van oxalaat in het voedsel, verminderen deze bacteriën het risico op hyperoxalurie, en daarmee de ontwikkeling van calciumoxalaat stenen.

Bij patiënten die een endoscopie hadden ondergaan vergeleken onderzoekers het effect van antibiotica op de OF bacterie bij twee groepen. Een groep die antibiotica kreeg vanwege de aanwezigheid van de Helicobacter pylori, verantwoordelijk voor het onstaan van maagzweren in de maag en een controlegroep die geen antibiotica kreeg. Op verschillende momenten bekeken de wetenschappers de kolonisatie van de Oxalobacter formigenes in de ontlasting.

Bij de antibioticagroep nam bij degenen die in eerste instantie positief testten op de  Oxalobacter formigenes de aanwezigheid van die bacterie in de loop van het onderzoek (6 maanden) sterk af. Na zes maanden was er in de antibioticagroep gemiddeld nog maar een derde van de hoeveelheid bacteriën over. In de controlegroep was dat 90%.

Als de theorie klopt, zouden deze mensen daardoor veel meer oxaalzuur uit hun voeding opnemen, en meer risico lopen op calciumoxalaatnierstenen.